Царь Федор Алексеевич не оставил завещания о передаче престола. Детей у Федора Алексеевича не было, и на престол претендовали два брата – Иоанн и Петр Алексеевичи. Иоанн Алексеевич (1682-1696) был пятым сыном Алексея Михайловича и его первой жены Марии Ильиничны Милославской. Царевичу Иоанну исполнилось к этому времени 16 лет, а царевичу Петру – 10, и по старшинству престол должен был бы перейти к Иоанну, однако бояре опасались, что слабое здоровье Иоанна не позволит ему управлять страной. Поэтому царем был провозглашен Петр. Сторонники царевича Иоанна – царевна Софья и родственники первой жены Алексея Михайловича Милославские – протестовали против такого решения. Они распустили слух, что Иоанн предательски задушен сторонниками Нарышкиных – родственников второй жены Алексея Михайловича. Вспыхнуло стрелецкое восстание, в результате которого партия Нарышкиных была разгромлена, и царем был провозглашен Иоанн Алексеевич, а царевна Софья – правительницей государства при несовершеннолетнем Иоанне. Боярская дума признала это избрание с условием, что с Иоанном Алексеевичем будет соцарствовать его брат, Петр Алексеевич. 25 июня 1682 года состоялось венчание на царство царей Иоанна V и Петра I Алексеевичей. Для проведения обряда венчания была изготовлена вторая шапка Мономаха и двойной трон. Софья отстранила Нарышкиных от государственных дел, и царица Наталья Кирилловна с сыном Петром уединилась в подмосковном селе царя Алексея – Преображенском. Иоанн V в делах управления государством не участвовал и пребывал "в непрестанной молитве и твердом посте". Так настало правление царевны Софьи Алексеевны (1682-1689 годы).

   Царь Иоанн Алексеевич был тяжело болен и скончался 29 января 1696 года. Он похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля.